Granada'nın 1492'de tesliminden sonra Elhamra, Katolik Krallar Isabel ve Fernando'nun sembolik fetih mekânı hâline geldi. Sarayın bazı bölümleri kraliyet ikametgâhı olarak kullanıldı, bazı salonlar kiliseye veya şapele dönüştürüldü. Bununla birlikte, Nasrid yapılarının büyük kısmı ilk etapta korunmuş, hatta bir süre "egzotik" ve ayrıcalıklı mekânlar olarak değerlendirilmiştir.
16. yüzyılda V. Carlos, Elhamra'nın kalbine Rönesans üslubunda yeni bir saray inşa ettirmeye karar verdi. Dairesel avlulu bu yapı, Nasrid saraylarının hemen yanında yükselerek hem bir kültürel kopuşu hem de dönemin imparatorluk iddialarını simgeler. Aynı yüzyılda bazı Nasrid yapıları da yeni zevk anlayışına göre değiştirildi ya da kısmen yıkıldı.
17. ve 18. yüzyıllarda Elhamra'nın bazı bölümleri kışla, depo ve idari mekân olarak kullanıldı; uzun süreli bakımsızlık, su sisteminin ihmal edilmesi ve doğal afetler, yapıların zarar görmesine yol açtı. 19. yüzyıl başlarında Napolyon ordularının geri çekilirken bazı bölümleri havaya uçurma girişimi ise anıtın en kritik kırılma noktalarından biridir.
Tam da bu dönemde, romantik gezginler ve sanatçılar Elhamra'yı "kaybolmakta olan bir masal sarayı" olarak resmetmeye başladılar. Washington Irving'in "The Alhambra" eserinin yarattığı etki, anıta yönelik toplumsal farkındalığı ve koruma taleplerini güçlendirdi. 19. yüzyılın ikinci yarısından itibaren sistemli restorasyon programları devreye girdi; 20. yüzyılda ise bilimsel yöntemlerle desteklenen daha bilinçli koruma politikaları uygulanmaya başlandı.
Bugün Elhamra, hem İslam hem Hristiyan dönemine ait izleri birlikte taşıyan, sürekli bakım ve araştırma gerektiren dinamik bir kültürel miras alanıdır. Ziyaretçi için bu katmanlı tarih, farklı mimari üslupların ve müdahale izlerinin yan yana okunabildiği bir "açık hava arşivi" sunar.